Como estaban débiles eran presa fácil de las enfermedades que trajeron los conquistadores, desconocidas para ellos. Periódicamente la viruela, el tifus, el sarampión, la peste bubónica y la gripe atacaban a la población, disminuyéndola notablemente. A ello se suma la separación que hacían los colonizadores de las familias indígenas: muchas veces marido y mujer vivían en lugares distintos y no tenían hijos.